在國內(nèi)外學(xué)者幾番公開質(zhì)疑其可重復(fù)性過去一年后，河北科技大學(xué)副教授韓春雨關(guān)于新基因編輯技術(shù)NgAgo-gDNA的論文已由《自然-生物技術(shù)》撤回……
圖為韓春雨
在國內(nèi)外學(xué)者幾番公開質(zhì)疑其可重復(fù)性過去一年后，河北科技大學(xué)副教授韓春雨關(guān)于新基因編輯技術(shù)NgAgo-gDNA的論文已由《自然-生物技術(shù)》撤回。
北京時(shí)間8月3日，《自然-生物技術(shù)》發(fā)布聲明稱，撤回韓春雨團(tuán)隊(duì)于2016年5月2日發(fā)表在該期刊的論文。澎湃新聞獲悉，論文撤回，是韓春雨主動申請撤回。
韓春雨出生于1974年，現(xiàn)為河北科技大學(xué)副教授，本科畢業(yè)于河北師范大學(xué)，碩士就讀于中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院，在中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)取得博士學(xué)位。
在學(xué)術(shù)出版里，受到廣泛質(zhì)疑的論文在期刊的調(diào)查和協(xié)調(diào)下，往往由論文作者主動向期刊申請撤稿，以減少對論文作者科學(xué)信譽(yù)的傷害，同時(shí)避免更多的科研工作者繼續(xù)引用該論文。
此前，該論文甫一發(fā)表，韓春雨團(tuán)隊(duì)及其報(bào)告的NgAgo技術(shù)得到了諸多喝彩聲。論文中所描述的NgAgo技術(shù)是利用格氏嗜鹽堿桿菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸內(nèi)切酶，以DNA為介導(dǎo)進(jìn)行基因編輯，簡稱NgAgo-gDNA。
在論文中，韓春雨團(tuán)隊(duì)使用NgAgo-gDNA技術(shù)，在哺乳動物細(xì)胞基因組上的47個位點(diǎn)進(jìn)行了100%的基因編輯，效率為21.3%~41.3%。按照韓春雨團(tuán)隊(duì)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，該技術(shù)效率之高，能媲美已有“基因魔剪”之稱的CRISPR-Cas9，對基因的特定位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確地剔除、添入等。
但同年7月以來，該論文的可重復(fù)性得到國內(nèi)外學(xué)者的廣泛質(zhì)疑。在按照韓春雨論文所述的方法進(jìn)行實(shí)驗(yàn)后，他們無一例外地沒有看到NgAgo技術(shù)有能編輯基因的跡象。
2016年7月，來自澳大利亞、美國、西班牙的學(xué)者在社交媒體推特上公開發(fā)聲，表示無法看到韓春雨論文中的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，為避免資源浪費(fèi)，呼吁科研工作者停止使用NgAgo技術(shù)。
2016年10月，北京大學(xué)、中國科學(xué)院、哈爾濱工業(yè)大學(xué)等13位中國生物學(xué)家聯(lián)名在媒體上公開發(fā)聲，表示無法重復(fù)該實(shí)驗(yàn)結(jié)果，呼吁有關(guān)部門啟動學(xué)術(shù)調(diào)查。
同年11月，國內(nèi)外20位生物學(xué)家聯(lián)名在國際期刊《蛋白質(zhì)與細(xì)胞》上發(fā)表學(xué)術(shù)通訊，正式以學(xué)術(shù)規(guī)范的形式，質(zhì)疑韓春雨團(tuán)隊(duì)該論文的可重復(fù)性。20位學(xué)者在各自的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了重復(fù)實(shí)驗(yàn)，但在不同細(xì)胞系和生物中無法檢測到NgAgo技術(shù)所產(chǎn)生的基因編輯現(xiàn)象。
同月，來自美國、德國和韓國的生物學(xué)家在《自然-生物技術(shù)》發(fā)表通信文章，同樣報(bào)告了該實(shí)驗(yàn)無法重復(fù)。
與通信文章同時(shí)發(fā)表的，還有《自然-生物技術(shù)》的一篇“編輯部關(guān)注”及聲明，“提醒讀者對原論文結(jié)果(韓春雨課題組論文)的可重復(fù)性存有擔(dān)憂”，并表示正在調(diào)查該論文，原作者“補(bǔ)充信息和證據(jù)來給原論文提供依據(jù)是非常重要的”。
不到兩個月后的2017年1月，《自然-生物技術(shù)》發(fā)言人發(fā)表聲明，表示獲得了與NgAgo系統(tǒng)可重復(fù)性相關(guān)的新數(shù)據(jù)，在決定是否采取進(jìn)一步行動之前，需要調(diào)查研究這些數(shù)據(jù)。
在被質(zhì)疑的一年時(shí)間里，韓春雨不愿公開實(shí)驗(yàn)記錄，并表示他的實(shí)驗(yàn)可重復(fù)，他正在不斷改進(jìn)實(shí)驗(yàn)效率。韓春雨還曾表示，其他實(shí)驗(yàn)室無法重復(fù)，80%的原因是實(shí)驗(yàn)用的細(xì)胞被污染了。
《自然-生物技術(shù)》撤稿聲明全文：
是該數(shù)據(jù)說話的時(shí)候了
一項(xiàng)宣稱通過Argonaute酶實(shí)現(xiàn)基因編輯的研究被撤回，這顯示了論文發(fā)表后的同行評議在全天候媒體時(shí)代的重要性。
本期，韓春雨及同事撤回了發(fā)表于去年5月的一篇論文。該論文稱，短5′磷酸化單鏈DNA可引導(dǎo)格氏嗜鹽堿桿菌核酸內(nèi)切酶(NgAgo)產(chǎn)生雙鏈斷裂，實(shí)現(xiàn)對人類基因組的編輯。論文一發(fā)表，便引起科研人員的極大興趣和媒體的競相報(bào)道。但是很快，在推特、博客和其它社交媒體的助燃之下，有關(guān)該研究可重復(fù)性的質(zhì)疑開始迅速增多。去年11月，本刊發(fā)表了“編輯部關(guān)注”(Editorial Expression of Concern)，提醒科研界留意這些可重復(fù)性方面的擔(dān)憂。為了最終解決這個爭議，多個研究小組在數(shù)月里生成了更多的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。如今塵埃落定，這也是世界各地的許多實(shí)驗(yàn)室為澄清NgAgo的功能而付出的大量時(shí)間、精力和資金的證明。
韓春雨的這篇論文自去年發(fā)表后所產(chǎn)生的影響力，再怎么夸張地說也不為過，尤其是在論文的來源地中國。中國媒體紛紛進(jìn)行報(bào)道，以大標(biāo)題宣告一項(xiàng)全新基因編輯系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)。這無疑是一篇中國去年被報(bào)道最多的論文；媒體監(jiān)測公司融文(Meltwater)的數(shù)據(jù)顯示，僅在論文發(fā)表后的最初兩個月，就有將近4000篇相關(guān)的中文新聞報(bào)道。
NgAgo的轟動之處集中在它有可能補(bǔ)充，甚至取代CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)之一點(diǎn)上。NgAgo有望以一個目標(biāo)序列進(jìn)行基因編輯(Cas9不僅需要目標(biāo)序列，還需要另外一個附近的識別(PAM)序列)。而且，初始數(shù)據(jù)還顯示了它在其它方面的優(yōu)勢，如引物的穩(wěn)定性更強(qiáng)(DNA相對于Cas9采用的RNA)，增強(qiáng)特異性，減少基因組編輯脫靶，改善在基因組富含GC區(qū)域的活性，以及使所用的試劑更易于合成和處理。
如果說這一切都聽上去太過美好而令人難以置信，那么去年夏天以來，隨著越來越多的實(shí)驗(yàn)室無法重復(fù)該論文所報(bào)告的基因組編輯功能，質(zhì)疑聲便開始出現(xiàn)了。在各種基因組編輯會議上，在新聞討論組和電子郵件中，這篇論文成為最熱話題之一。這很快便引起媒體注意，有關(guān)該初始報(bào)告有效性的正反兩方面的聲音開始交鋒。我們內(nèi)部的圖像完整性篩查沒有發(fā)現(xiàn)韓春雨論文的明顯異常，復(fù)查數(shù)據(jù)的三位外部評審人也持相同觀點(diǎn)。
在此期間，《自然-生物技術(shù)》一直與科研界保持聯(lián)絡(luò)，關(guān)注各種為重復(fù)論文所做的持續(xù)努力。最終，在編輯們的協(xié)調(diào)下，三個獨(dú)立小組的成果形成了一篇單獨(dú)的反駁性論文，并通過了同行評議(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了這些數(shù)據(jù)，我們就有充分的理由去提醒讀者留意該論文可能存在問題，我們將正式的“編輯部關(guān)注”發(fā)表在該篇論文所在的網(wǎng)址上，此舉得到包括韓春雨在內(nèi)的兩位論文作者的支持。
我們也詢問了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復(fù)他們的結(jié)果。于是，去年12月，韓春雨及同事，還有另外幾個與本刊聯(lián)系的獨(dú)立研究小組，提供了新的數(shù)據(jù)，稱已經(jīng)重復(fù)了NgAgo基因編輯活性。當(dāng)時(shí)，本刊編輯和一位外部評審人都判定這些數(shù)據(jù)太過初級，不滿足發(fā)表標(biāo)準(zhǔn)。因此，我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時(shí)間來收集更多的能支持其論點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。
現(xiàn)在，距原論文發(fā)表已過去了一年多，我們了解到當(dāng)初曾報(bào)告說初步成功重復(fù)出實(shí)驗(yàn)結(jié)果的獨(dú)立研究小組，無法強(qiáng)化初始數(shù)據(jù)，使其達(dá)到可發(fā)表的水平。類似的，在征求專家評審人的反饋意見后，我們判定韓春雨及同事提供的最新數(shù)據(jù)不足以反駁大量與其初始發(fā)現(xiàn)相悖的證據(jù)。我們現(xiàn)在確信韓春雨的撤稿決定是維護(hù)已發(fā)表科研記錄完整性的最好做法。
這篇有關(guān)NgAgo的論文發(fā)表出來，并不是科研過程的結(jié)束，而是開始。與任何其它發(fā)表出來的報(bào)告一樣，正是廣大的科研共同體對相關(guān)方法進(jìn)行了檢驗(yàn)，識別潛在的錯誤來源，驗(yàn)證試劑并優(yōu)化試驗(yàn)。在本例中，有多位敬業(yè)的研究者個人對已發(fā)表實(shí)驗(yàn)方法的各種細(xì)節(jié)進(jìn)行檢驗(yàn)，并完成記錄翔實(shí)和有對照組的反駁性研究(Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。
這篇NgAgo論文也顯示了社交媒體的利與弊。顯然，這些平臺對于迅速提醒廣大科學(xué)界留意該論文可能存在的問題發(fā)揮了重要作用。但是，它們也抬高了人們的預(yù)期，以為有關(guān)這篇論文的問題是直截了當(dāng)，可以快速解決的。然而，關(guān)于NgAgo的各種問題是無法在幾個星期或幾個月內(nèi)就能澄清的，這是有原因的。即使是簡單的實(shí)驗(yàn)也需要花費(fèi)數(shù)周來準(zhǔn)備、實(shí)施、分析和解決出現(xiàn)的問題。另外于事無益的是，那些進(jìn)行可重復(fù)性研究的人，其付出的努力往往得不到回報(bào)——這樣的工作單調(diào)乏味，沒有資金支持，還吃力不討好。
難怪在希望得到快速、明確答案的全天候媒體和公眾眼中，論文發(fā)表后的同行評議流程似乎慢得讓人沮喪。但是，當(dāng)涉及生物學(xué)時(shí)，往往沒有明確的答案。當(dāng)研究重復(fù)性時(shí)，有一點(diǎn)我們是知道的，那就是這需要花時(shí)間來做。就這篇有關(guān)NgAgo的論文而言，現(xiàn)在是時(shí)候了，數(shù)據(jù)已經(jīng)說話了。
